對“未批先建”的違法行為，2014年修訂的新《環境保護法》第61條和第63條增加了處罰條款，該條款與2002年發布實施的老《環境影響評價法》第31條相比，沒有規定“責令限期補辦手續”的內容。

新《環境影響評價法》第31條，亦刪除了原《環境影響評價法》第31條關于“限期補辦手續”的規定，不再將“限期補辦手續”作為行政處罰的前置條件，但并未禁止建設單位主動補交環境影響報告書、報告表報送審批。

因此，建設單位只要有“未批先建”的違法行為，環保部門應當首先對“未批先建”違法行為作出處罰，限期補辦不再是對“未批先建”行為免于處罰的條件，更不能作為不予處罰的借口，也不再是環保部門對“未批先建”違法行為進行處罰的前置條件，即一旦發現有“未批先建”的情形，立即做出處罰。

當然，如果建設單位及時改正“未批先建”的違法行為，主動積極來生態環境主管部門補辦環評手續，并且，其“未批先建”行為并未造成生態環境危害后果，屬于“首違不罰”的情形，應該根據《行政處罰法》第33條的規定，可以不予處罰。

但是，生態環境主管部門仍要注意兩個方面的問題，一是要監督建設單位及時整改違法行為，并不是不予處罰就等于不監管了，執法不能以罰代改，也不能“首違不罰”就不管了，監督建設單位及時整改才是執法的目的。

因此，存在“未批先建”違法行為的建設單位，如果及時改正其違法行為，主動報批該建設項目的環境影響報告書或者環境影響報告表的，生態環境主管部門應當予以受理。

生態環境主管部門應當通過受理和審查“未批先建”建設項目環評手續，將所有建設項目依法納入環境管理，為實現排污許可證“核發一個行業，清理一個行業，規范一個行業”提供保障。

二是要監督建設單位補辦的環評手續是否規范，補辦還應當遵守國家有關環評的標準、導則和技術規范等。

例如，生態環境部公布的南京紅太陽生物化學公司環評文件弄虛作假案，就是在補辦環評手續時造假。

2021年7月2日，南京市生態環境局執法人員對南京紅太陽生物化學有限責任公司（以下簡稱紅太陽公司）現場檢查時發現，該公司及時改正了“未批先建”的違法行為，補辦了《80噸/天廢水生化處理項目及500平方米危廢倉庫項目環境影響報告表》。

但是，紅太陽公司未如實反映其污水處理站廢氣治理設施的實際建設內容，其環評報告表中引用的監測數據與原始監測報告中的數據不一致。

經查，紅太陽公司的廢水生化污水處理站和廢氣治理設施，都是實際于2019年5月建成投用。2021年4月，該公司以4000元價格委托南京睿華勘察設計有限公司為其編制《80噸/天廢水生化處理項目及500平方米危廢倉庫項目環境影響報告表》（補辦環評手續），并于2021年5月26日取得環評批復。

2020年8月至2021年1月期間，紅太陽公司陸續將其綜合治理車間的8個百草枯工藝廢水儲罐的含有氨和非甲烷總烴的尾氣，接入污水處理站的廢氣處理裝置內處理，但是在補辦環評手續編制的環評文件中未能如實反映工藝改造過程，仍按照原有工藝編寫 。

同時，環評文件編制過程中，該建設單位委托南京某環境科技集團股份有限公司進行現狀監測，原始監測報告顯示廢氣處理裝置出口非甲烷總烴第一次監測結果和均值監測結果分別為39.1毫克/立方米和13.5毫克/立方米，而環評編制單位出具的環評文件引用的監測數據與原始監測結果不一致。

南京市生態環境局根據《環境影響評價法》第32條的規定，對紅太陽公司處以50萬元罰款，并責令改正違法行為；對其法定代表人趙某某和項目主要負責人陳某某各處5.2萬元罰款。

對環評文件編制單位南京睿華勘察設計有限公司處以1.2萬元罰款，并責令改正違法行為。同時，根據失信記分辦法對環評編制單位予以失信記分，環境影響評價信用平臺已注銷編制主持人段某某的誠信檔案。

還需要注意的是，如果建設單位存在違反環境保護設施“三同時”竣工驗收制度，或者超過污染物排放標準排污等違法行為的，應當依照《建設項目環境保護管理條例》和《大氣污染防治法》《水污染防治法》等法律法規分別予以處罰。